故事讲述在儿时的那一天。父亲留下阿尼莫奈前往战场，之后成为了不归人。悔恨之情深深存留在阿尼莫奈小小的胸膛中。过了7年，阿尼莫奈身处父亲逝去的战场——东京。作为实验部队阿西德所执行的作战关键，安妮莫奈不得不与人类的敌人“第7个Eureka=Eureka Seven”战斗。被Eureka Seven逼入绝境的人类，已经只能把希望寄托在阿尼莫奈身上了。于是，阿尼莫奈潜入Eureka Seven的内部——。